信玄城の最奥までを堂々と侵入した忍者くん。いよいよ武田信玄の正体が…!
警告:以下にラストバトルの攻略が記載されています。

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おにぎりを回収に来た方は、1番の位置に出現し、赤線のように動く妖怪鬼さんを狩りましょう。
東の階段を上がったら、すぐに2番へ逃げましょう。妖怪忍(レベル3)の動きが観察出来ます。 待ち構えるべき位置を見極め、一度階段を降りて、撃破後進みましょう。
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隠し通路を示しているので大丈夫でしょう。 妖怪武者(レベル7)に触れずに抜けましょう。 縦方向は中、横方向は下、と覚えるとマップを見なくても抜けられるようになるかと思います。
南西で最後の力の素を回収し、北西へ抜けます。
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1番に出現する妖怪鬼、それを倒すと再出現する妖怪鬼が万金丹を落とします。決戦に供えて補給しましょう。
3番から、出現パターンが変化する妖怪刀(レベル8)を狩っていると、薬草を落とすことがあります。 回収するのは非常に危険ですが…。
次は2番の位置から東へ抜けましょう。妖怪忍の特攻を避ける為です。
東を回って来た際は、4番から次々と特攻してくる妖怪忍に注意しましょう。 最初に北側の段、以下、交互に来ますので、上手く避けてボスルームへ入りましょう。 但し、妖怪刀も特攻してくるようになっていますので、いっそのこと突っ切るのも手です。
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1番の位置へ移動し、待機しましょう。宝への隠し通路から妖怪武者(レベル8)が出てきます。 最後の宝である忍一文字を回収し、北側を回りボスルームへ入りましょう。 東側の妖怪忍を避けるのは容易ではありませんので、特効してしまいましょう。
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やはり武田信玄は妖怪に取って代わられていました。 妖怪信玄(レベル8)が足掻いて襲ってきます。撃退しましょう。
4番の位置(開始位置)から、最強となった忍一文字を連撃しましょう。 僅かなダメージを受けるだけで撃破出来てしまいます。
開始直後、1番へ移動し、向き変えの術で東を向きます。 敵が3つの妖怪目(レベル8)を南に飛ばすまで待ち(又は爆弾等で攻撃し)、目が飛んだら2番へ移動し、村雨の太刀を連撃します。 敵は元の位置に戻ってきたら、再び1番へ移動して繰り返しましょう。 奇数ターンは西へ、偶数ターンは東へ移動しますので、偶数ターンでは北東側を利用しても良いです。
倒した、と喜ぶ暇もなく、真の力を持って大妖怪(レベル15)が襲いかかってきます。
2番の辺り、敵の目の前に突撃し、忍一文字を連撃しましょう。 敵本体に突っ込んでしまうと致命的なダメージになりますので、注意しましょう。 常に薬草を構えて置き、体力が半分以下になったら使っていきましょう。
大妖怪の体力は異常に高いです。 これまでのボスのようにスグ倒せるだろう、と甘く見ていると後悔します。
最強状態の村雨の太刀ですら、100回以上斬りつけなければならない、と言えばお分かりでしょう。
1番へ移動し、北を向きます。この位置ならば、周りを囲む妖怪弾丸の放つ妖怪弾には当りません。 しかし、妖怪目(レベル6)の体当たり攻撃は必ずしも避けられません。 忍者くんに当ってしまうのは、3番と4番の位置に妖怪目が出現した(又は移動してきた)場合です。 つまり、この時のみ木遁(火遁)で回避してしまえば良いわけです。
しかし、半歩状態の位置にいるため、術を使うと強制的に位置を補正されてしまいます。 目を避けた後は、隙をみて1番へ戻りましょう。落ち着いて戦えば、充分にノーダメージも可能です。
どうしても倒せないよ〜、という方もご安心下さい。実は最後の隠しアイテムがあります。 一度以上、妖怪信玄に負けてしまった後、岐阜城の信長さんに会いましょう。 無限薬草を貰えます。 これでもはや無敵と言っても過言ではなくなりますね♪ ある程度以上には、体力をあげていないと意味がないですけれどね♪
大妖怪の撃破後については触れる予定はありません。ご自分の足で歩き回ってみて下さいな♪ 敢えて言うならば、岐阜城へ戻る前に嬢に話しかけておきたいところです。 ガイド6-2にいるお地蔵様との会話も見落としがちですね。 最終的に信長さんに話しかけると、エンディングへ進みます。
以下、最後のIfStoryをお楽しみ下さい…。
妖怪城の時と同じく、「わしの見た目に狂いはなかった」と、会ったことがあるかのような会話になります。
全ての妖怪は消え去っています。妖怪峠の無敵妖怪といえども例外ではありません。 宝を回収したりも出来ます。 しかしながら、妖怪城をクリアしていなかった場合、信濃の国の村長さんだけは、まだ妖怪がいるかのような会話のままになります。 誰も妖怪はもういないんだよ、と教えてあげないのでしょうか…。
無敵信玄とのバトルになります。 この場合でも、岐阜城に戻り、「信玄は妖怪だぞ」と信長さんに報告すれば、無限薬草を貰えます。 つまり、最初に甲斐の国に侵入し、裏口から真っ先に妖怪信玄に遭えば、以後の攻略が物凄く楽になります。 当攻略では敢えて最後まで取らないルートにしています。